การหายใจของปลาเริ่มขึ้นเมื่อมีน้ำ เข้าทางปากหรือท่อ เช่น สไปเรเคิล (spiracles) ในปลาพวกฉลามและกระเบน น้ำที่มีก๊าซออกซิเจน ละลายอยู่ก็จะผ่านเข้าไป ตามช่องเหงือก ครั้นเมื่อปลาหุบปาก และกระชับกระพุ้งแก้ม น้ำก็จะถูกขับออกทางช่องแก้ม ซึ่งเปิดอยู่ทางส่วนท้ายของส่วนหัว น้ำที่ถูกขับออกทางส่วนท้ายนี้ ยังเป็นแรงที่ช่วยดันให้ปลา เคลื่อนที่ไปข้างหน้าอีกส่วนหนึ่งด้วย
            
            ยังมีปลาบางจำพวกที่มีอวัยวะพิเศษ ใช้ช่วยในการหายใจ นอกเหนือจากผิวหนังของปลาซึ่งมีส่วนสำคัญในการขับถ่ายของเสีย เช่น ก๊าซคาร์บอนไดออกไซด์ ปลาบางจำพวก เช่น ปลาไหลน้ำจืด ใช้ลำไส้ช่วยในการหายใจได้ด้วย ในลูกปลาวัยอ่อน (larvae) ของปลาส่วนใหญ่ที่ยังมีถุงไข่แดงอยู่ ปรากฏว่าเส้นเลือดฝอยบนถุงไข่แดง และที่ส่วนต่าง ๆ ของครีบสามารถดูดซับ เอาก๊าซออกซิเจนไปเลี้ยงร่างกายได้เช่นกัน ในลูกปลาจำพวกที่มีอวัยวะคล้ายปอด (lung fishes) จะมีเหงือกพิเศษ ซึ่งพัฒนาดีในระยะแรก ของการเจริญเติบโตของปลาเท่านั้น ต่อมาเมื่อลูกปลาดังกล่าวโตขึ้น เหงือกพิเศษจะค่อย ๆ หดหายไป